（二）农村土地权属问题
这个问题可以说是导致实务中许多补偿纠纷发生的根本原因。收益主体不明确主要是源于我国在立法上对农村土地权属界定不清。我国的《宪法》、《民法通则》、《土地管理法》以及《农业法》等重要法律都明确规定，中国农村的土地归农民集体所有，但到底谁是“集体”，相关立法却没有明确指出。虽然《物权法》在第五十九条第一次明确规定“农民集体所有”的含义是“本集体成员集体所有”，但仅是在一定程度上解决了农民集体所有权权利主体虚位以及农民集体成员权利保护不力的问题。自从农村实行家庭承包经营为基础，统分结合双层经营体制以后，农村集体经济组织大多解散，原来属于乡（镇）、村集体经济组织所有的土地已经分给各村内小组的农户承包经营，而且当初分地的时候土地权属登记手续大多不健全，在土地未被征用时这种潜在的权属不清问题一般不太引人注意，但是当面临补偿金的时候，潜在的问题就充分暴露出来，三个主体都争抢土地补偿金。
（三）征地补偿问题
现行法律虽然较之修改前的法律规定有很大的进步，但仍不足以保护被征用人利益和反映市场经济的要求。有关征地补偿法律规定不完善，征地补偿问题突出。主要表现在以下几个方面：
1、征地补偿费的标准问题
目前我国土地征收补偿标准采用法定补偿标准，由《土地管理法》第四十七条具体规定，其中有些补偿标准只有最高限的限制，如“每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍”、“土地补偿费和安置补助费的总和不得超过土地被征收前三年平均年产值的三十倍”，即使有些有法定最低标准的限制，政府的自由裁决权也比较大，如“征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍”、“征收其他土地补偿费和安里补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置费的标准规定”，较大的自由浮动幅度和“参照”赋予了政府极大的自由裁决权。由于政府作为利益参与方分享土地征收的利益，被征收方又极少参与征收过程，导致很多地方政府常常按照法定最低标准给予补偿甚至连法定的最低标准也达不到，在自由裁决的权限内，出现显失公平的不合理现象更是常见。实践中政府往往以支付较低的补偿费为对价获得土地，再以很高的土地使用权出让金转入市场，由此所形成的增值是巨大的。但是失地的集体组织和农民却不能从增值中获利。法定的征地补偿远远不足以解决被征地农民的长远生计。另外，征地补偿范围没有覆盖土地上的他项权利如承包经营权等的补偿。农民集体土地转为建设用地的过程，应当是农民分享城市化和工业化成果的过程，应当有利于缩小城乡差距而不是扩大城乡差距，因此，应该考虑在对失地农民的征地补偿中解决土地增值分配不合理的问题。
考虑到实践中存在的问题，《物权法》一方面从形式上重申征收集体土地的补偿内容，具体包括“土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等费用”；另一方面，从实质上规定，“应当依法足额支付”，并要求征收单位必须“安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益”。 但是作为一个抽象性条款，难以穷尽相关问题，仍有待于配套的法律法规予以具体地规定。
2、土地征用补偿收益主体问题
由于农村土地权属的立法界定不清，大量的补偿费无法为农民所掌握，严重损害了农民的利益。依照现行法律规定，青苗补助费和地上附着物补偿费应分配给该物的所有者，通常为农民个人所享有；安置补助费是为了确保被征地农民现有生活水平不降低而给予的补助，国家规定应由安置单位所享有。若农民自谋职业，应发给农民个人。但在实际补偿分配过程中，争议最多的是土地补偿费和安置补助费。首先是土地补偿费，据有关部门统计，如果土地出让成本价为100%，则农民只得5%－10%，村级集体经济组织得25%－30%，60%－70%为县、乡(镇)各级地方政府所得。[6]由于农村集体土地产权关系混乱，产权主体不明，往往造成各级政府、村委会以及集体经济组织相互争当所有权主体，或通过各种名义克扣征地款，有些地方甚至存在村干部凭借权力分割征地款项，导致土地征用中补偿给土地所有者的费用呈现了“乡扣”、“村留”、“乡（村）经济组织提”的局面，导致许多问题。[7]其次是安置补助费的分配，安置补助费的目的主要是用来安置征地后剩余劳动力的，由安置单位享有，但由于劳动用工制度发生了很大的变化，许多企业难以胜任妥善安置劳动力的重任，因此许多地方均采取货币安置的方式。部分安置费用在没有使农民得到妥善的就业安置条件下应由农民个人所享有，但许多地方并未按照国家规定足额发放，甚至完全没有发放到农民手中，而是被层层的截留。《物权法》第四十二条第四款只是作了重申性的规定：“任何单位和个人不得贪污、挪用、私分、截留、拖欠征受补偿费等费用”。
（四）征地拆迁补偿与安置问题
1、现行征地法律制度中关于征地拆迁补偿安置问题规定较少
目前，对征地拆迁补偿安置标准缺乏具体法律规定，征地拆迁补偿政策较乱。一是缺乏国家统一、通用的征地拆迁补偿安置标准和办法。如公路征地拆迁补偿标准由地方政府确定，国家和省没有相应标准。二是在农村，征地拆迁补偿政策不一的问题非常突出。不同时期的拆迁补偿标准不一样，不同地区不同项目的拆迁补偿标准更不一样；乡与乡、村与村，甚至于同一个村的同类地块也不一样，造成农村基层干部工作难做，农民群众思想难通的困难局面。三是农村村民与城镇居民的拆迁补偿标准不一样。这在城乡结合部位也是引发矛盾纠纷的重要因素。[8]
2、征地法律制度中有关征地就业安置和保障规定和办法欠缺，缺乏妥善安排失地农民长远生计的有效途径
现行征地法律制度中征地补偿规定的“安置补助费”忽视了农村城市化后农民长期生活、就业和社会保障等问题，并与所有制结构的变化和劳动就业制度变迁不相适应。
一是生活安置问题。由于我国法律规定的土地征用补偿一律为现金补偿，实行一次性安置。这与我国集体组织中的广大农民的实际需要不相适应，也与国外土地立法的普遍做法不相符合。对于视土地为命根子的农民，一次性给他们一笔钱并不能从根本上解决问题，反而会使他们生活一时无着落，生活水平恢复不到征地前的水平。
二是对征地农民的劳动就业安置法规不完善，对征地转户农民劳动就业合法权益缺乏保护，存在不少漏洞，现行征地法律制度中没有专门制定针对征地农民的完善的劳动就业培训措施和办法。各地征地过程中自行出台一些劳动就业安置规定，内容参差不齐。实际中被征地农民的就业和生活问题日益突显，已成为严重的社会问题。
三是教育、医疗、社会保障等问题。现行的征地法律制度对被征地农民的医疗、教育、社会保障等方面缺乏具体的规定，也导致农民的教育、医疗、社会保障问题突出。而众所周知，我国长期以来实行城乡二元结构，对农民的教育、医疗、社会保障等问题本就缺乏规定和保护。[9]由于现行的征地法律制度未对被征地农民的医疗、教育、社会保障等方面没有专门的具体的规定，农民失地后，其教育、医疗、社会保障等状况依旧，与城市的有关制度脱节，导致被征地农民进城的教育、医疗、社会保障问题更加突出。
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