刑诉法规定，案件移送起诉后，人民司法院经审查认为事实不清，证据不足的，可以退回补充侦查，也可以自行补充侦查。而在实践操作中，司法院退查并不都是因事实不清，证据不足，有时因办案期限即将届满，可案件未结，办案人员便与侦查部门商量，名义退查，实则不退案，以此赢得2个月的办案时间。公、检、法部门在移送案件时，采取顺签或倒签收案时间的办法，相互借用对方未用完的办案时间。这些都无疑违反刑事诉讼法的规定，是造成诉讼拖延的又一大原因。
超期羁押或变相超期羁押。超期羁押无疑是违法行为，一直为公、检、法部门明令禁止（虽然禁而不止）。但是变相超期羁押却是打着合法的晃子在拖延诉讼，并往往使法官不得不考虑量刑迁就的问题。如侦查部门立案时，故意只以一个罪名来立案，在侦查期限届满后又以发现新罪需追加新罪名为由重新计算侦查羁押期限；或者在共同犯罪案件中，在侦查期限届满时，又以追加新的共同犯罪嫌疑人为由重新计算侦查羁押期限。毕竟重新计算侦查羁押期限无需其他机关批准，法律也没规定侦查终结后所谓新发现的罪名就一定能成立，所以用重新计算侦查期限的方法来赢得更多的办案期限，便成了侦查部门拖延诉讼的一大借口。
在诉讼期限内不能办结的案件未按规定改变强制措施。根据刑事诉讼法和国家六部委《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》，在法定期限内未能办结的案件，应当改变强制措施。如因做司法鉴定占用过多办案期限致使期限届满未结的，在上诉、抗诉阶段一审判决被告人刑期已满，而二审仍未审结的，办案部门应及时给被告人变更强制措施。但实践中，因此类情况而被改变强制措施的很少，致使犯罪嫌疑人、被告人长时间被关押。
最高人民法院、最高人民检察院、公安部三机关负责人表示，造成超期羁押问题的原因是多方面的。关键还是司法、执法理念的问题。严格依法办案观念淡薄，人权保障意识不强，是超期羁押问题虽经三令五申仍长期不能得到有效解决的主要症结修正后的刑事诉讼法实施以来，公检法三机关都对干警加强了严格依照法定程序办案的法制教育和业务培训。但是，“重实体、轻程序”的观念，甚至“有罪推定”的传统错误认识，在一些办案人员的思想中仍然没有得到根本扭转和彻底消除。认为只要案子不办错，羁押时间即使超过法定期限不是什么大问题；甚至认为如果解除了对犯罪嫌疑人或者被告人的羁押，可能会放纵罪犯。对超期羁押问题没有从是属于违法办案和侵犯人权的法律性质的高度来认识。⑨
2003年，最高人民法院、最高人民检察院和公安部联合下发了《关于严格执行刑事诉讼法，切实纠防超期羁押的通知》，规定了严格的超期羁押追究制度；最高人民检察院设立了专门受理检察机关超期羁押的举报电话和电子信箱，加强社会监督，逐步建立防止和纠正超期羁押的机制。2003年共纠正超期羁押25736人，超期羁押问题基本得到纠正。这是全国司法实践中范围最广、规模最大、涉及案件人数最多的清理超期羁押，极大地加强了司法中的人权保障。⑩
（五）地方性司法改革：在潜规则与显规则之间
现行法律的规制所形成的约束使司法改革处于这样一种窘境：要么系统地修改法律，实行真正意义上的“变法”；要么只能在法律框架范围内进行局部性的调整。近年来，司法机构在倡导改革的同时，又不得不谨慎地把“在现行法律范围内进行改革”、或“不违反现行法律规定进行改革”作为改革的一项原则。
事实上，司法机构目前所提出的一些改革设想和方案，已属“红杏出墙”，溢出了现行法律的规制范围。比如2000年抚顺市顺城区推出的“零口供规则”包括两方面主要内容：其一是当侦查机关将犯罪嫌疑人的有罪供述即口供呈至检察机关提请批捕时，检察机关将视其有罪供述不存在，即为零，应通过在案的有关证据进行推论，证明其有罪。其二是在审查起诉时，犯罪嫌疑人对检察官的讯问应允许其做无罪、罪轻的辩解，允许其保持沉默。这明显违反刑事诉讼法第42条、第46条的规定。2001年3月27日，抚顺市顺城区人民检察院对《主诉检察官零口供规则》进行了第5次修改， “零口供”也被重新定义为：认定犯罪事实可不依赖犯罪嫌疑人的有罪供述而独立存在，使有罪供述对犯罪事实认定的影响降低到零。修改后的《规则》与原来最大的区别在于不再把口供视为零，而是把对口供的依赖降到最低点。犯罪嫌疑人在接受审讯时不再允许其保持沉默，原来的绝对“零口供”演变成现在的相对“零口供”，修改后的规则仍然与刑诉法规定有冲突。再比如对于当前各地检察机关对轻罪实行的暂缓起诉，就没有法律依据，属于“违法实验”。理由是，我国刑事诉讼法对审查起诉后作出的决定只规定了提起公诉、不起诉等处理方式，并没有规定可以暂缓起诉。许多检察机关推行的普通程序简易审与刑诉法第154条、第159条、第160条等条文的规定直接相违背；黑龙江牡丹江铁路运输检察院推行的“辩诉交易”与宪法和刑诉法许多规定相冲突。
合理不合法的改革的出发点是好的，但是擅自突破现有法律体系带来如下问题：首先，它违背了法制的统一性和司法的统一性原则。各地司法机关的诉讼活动依据只能是宪法、法律以及相关的司法解释，而不是地方各搞一套，把国家制定的宪法、法律置之一旁。其次，如果任凭所谓“良性违法”发展下去，就会给长期阵痛刚刚步入正轨的法治建设添加绊脚石。擅自突破法律的规定往往会抑制人们法律信仰的生成。地方司法机关最重要的任务在于严格实施法律而不是“创造”法律，司法机关越权改革将会对一个正在培养公民法治信仰的国家造成灾难性的后果。因为司法机关自身的行为会对民众起到巨大的示范作用。其结果往往导致法律虚无主义的盛行，法治之路更加举步维艰。当然我们不能绝对排除局部先期实验。通过试点降低改革的风险，节约改革的成本；为进行系统的改革提供一种范例，积累经验，但是先期的实验应当受到规范，而不是盲目的改革。当改革设想和方案比较可行时，无疑必须修改法律使其合法化，然后在全国范围推行。真正意义上的改革必定突破现有的法律体系，在改革时应伴随修改相应法律，将改革的成果通过正当渠道合法化、制度化。因此，检察改革不应采取由上而下的局部扩展方式，而应当采取由上而下的整体推进模式，避免各地方自行其是，破坏法制统一性，走合法改革的道路。
二、潜规则何以形成
潜规则的产生主要有以下几个方面的原因：
（一）对程序正义或形式正义的忽视
正义是以人类共同的理性标准，对司法制度所作出的积极的整体性评价，正义作为司法制度的永恒追求，有着多方面的含义。有司法领域，正义可以被区分为实体正义和程序正义。实体正义的基本标准是使被侵害的权利得到法定救济，也就是使司法结果与法律规定吻合。刑事诉讼中，实体正义的基本要求是不枉不纵，无罪的人不应受到刑事追究，有罪的人受到应有的惩罚。实体正义是任何一个国家司法制度存在的合理根据之一，居然不同的诉讼形式在实现实体正义方面的能力不所不同，但即使是在奉行正当程序至上的对抗制诉讼形式下，也设置有确保实体正义得到实现的制度。但是，实体正义也是有缺陷的，虽然从认识论的角度看，世界是可知的，但刑事诉讼本身不是发现真理的最好方式。在刑事诉讼中对案件真相的探求只能在一种受到严格限制的条件下进行，而且这种认识也不存在可以衡量的外在标准。在这种情况下，程序正义作为一种可以触摸的标准，就自然而然地得到强调。程序正义的功能可以从以下几个方面去理解：首先，程序正义在大多数情况下能够保证实体正义得以实现，程序的设计无非出于两种考虑，在无碍价值目标实现的情况下，都尽量在技术上进行科学的安排，在诉讼机制设计科学的情况下，如果能够得到严格遵守，实体正义通常也就有了保证。其次，程序正义增强了判决结果的可接受性。在程序中进行蒙受不利结果的当事人也许会对判决结果并不满意，但由于已被提供了充分的机会表达自己的观点，并相信法官公正无私地进行了审理，这种不满也就失去了客观依据而只能接受，这种效果并不是来自于判决内容的“正确”这种实体性的理性，而是从程序过程本身的公正性，合理性产生出来的，最后，由程序正义本身产生的正当性还超越了个人意志和具体案件的处理，在制度层次上对社会整体产生结构化、一般化的效果，强化了司法制度的正当性根据。人们对审判结果正当性的判断一般只能从正当程序是否得到保障来看，如果法院在制度性的正当程序方面得到了公众的信赖，判决也就取得了正当化的根据。11
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