四、科学证据自身的科学性
不容否认，侦查工作是一项目标导向性的工作，其主要目的之一便是查明案件事实。实体法规则并不会自己发生社会效果，所谓“徒法不足以自行”。因此，对于案件事实而言，首先必须有证据予以证明，并达到特定的证明标准，由此才能证明特定案件事实的存在。可见，侦查机关收集并提交的证据将影响到实体法的适用，有效的侦查工作是成功控诉的基础。因此，证据问题是诉讼证明的核心问题之一。在侦查阶段，科学的应用也主要是为了获取相应的证据，即通常所说的科学证据。有学者指出，所谓科学证据，就是指具有高科技含量的证据。它不是一种新的证据形式，而是指一类证据。
其实，科学证据并非新生事物。在中国古代，就已经应用当时的先进科学技术进行现场勘查工作以获取相应的证据。 不过，现代诉讼面临的问题日益复杂化，更是经常涉及到科学知识问题。
但是，学者一般只是对科学技术的应用结果--科学证据寄予厚望，但很少对科学证据在侦查活动中的形成过程进行全面的分析。而科学证据的形成过程对于科学证据的科学性而言恰恰具有决定性的作用。 简言之，科学证据的产生首先需要有供检验的材料--提供基础性信息，然后，再由鉴定人员依据科学技术进行检验，最终得出检验结果，此外，在特定的情况下，鉴定人员还需要进行重新鉴定。
（一）科学检验所依赖的信息：协商式侦查和背景知识的双重约束
1.侦查人员与鉴定人员的直接交流
在特定对象的送检过程中，送检方一般应提交一份检验说明书，详细说明需要进行的工作以及相关的案件信息。信息的详细程度以及具体的指示依个案的具体情况而定，但内容通常都十分简洁。此外，有些鉴定人员可能会与送检方联系以获得进一步的信息。缺少了这些具体的背景信息，许多鉴定人员可能无法继续开展鉴定工作。此外，向鉴定人员提供背景信息本身也存在着这样一个矛盾：鉴定人员需要了解特定的信息，以便设定检验参数，并由此在这个背景之内考察具体的结论；然而，过于详细的案件信息可能存在披露侦查人员目的的风险。这就是背景知识的双重约束。
一些鉴定人员也承认，案件背景信息可能对科学检验工作在方法论上的公正性产生潜在的影响。首先，对于那些参加现场勘查工作和人身检查工作的鉴定人员而言，对案件细节信息的隔绝是不可能的事情。其次，如果缺乏科学检验的背景资料，许多鉴定人员都无法开展工作。同时，由于检验说明书的制作者一般都并非科学家，很可能忽略了有价值的案件信息或者提出一些无助于案件侦查工作的检验要求。
不过，在这种交流过程中，鉴定人员的结论很可能会受到公开的偏见或细微的暗示的影响。尽管送检方提交的说明书一般都是对案件事实的客观说明，但是，有些情况下也可能存在一片可能导致偏见的词句。因为这些说明书一般都是由负责案件侦查工作的侦查人员所填写，某些侦查人员可能深信嫌疑人有罪，并将这种意识体现在说明书中。在此种情况下，科学证据的可靠性可能会因此大打折扣。
2.根据新信息修正鉴定结论
在司法鉴定实践中，鉴定人员也可能了解到案件中与自己的结论不一致的其他证据。有时候，根据这些信息，鉴定人员往往会改变其最初的结论。当然，鉴定人员一般并不会基于其他证据随意改变自己的结论。不过，一旦鉴定人员了解到其他的证据信息，一般会重新审视自己的鉴定结论，也往往会适当加以修正，同时，自己对修正后的结论更加深信不疑。
在司法实践中，经常出现这种情况：同一个实验室的鉴定人员彼此知晓对方的鉴定结论，同时，如果出现不一致的情况，各个鉴定人员往往共同协商以达成一致意见。然而，这种情况很容易导致错误的出现。
（二）科学检验过程：客观性亦或构建有效性
对科学证据进行的任何评估，要想做到公正，就必须以法律程序进行时科学发展达到的程度为基础。 法庭科学，与其他领域的知识一样，需要随着实践的发展而与时俱进。戈尔丁（Golding）将这种不同水平的确定性称为“构建有效性”。
除了理论争议之外，将科学理论引入司法实践也存在一定的困难。总体上，以下三个方面的因素对科学证据产生实质性的影响：①真正的科学争议；②污染的可能性；③科学检验的质量。
1.真正的科学争议
法庭科学的很多领域都仍处于起步阶段，很难称得上是真正的科学。即使是那些发展较为完善的法庭科学领域也存在着不同意见。例如，一度被视为极具客观性的指纹鉴定结论，近年来也存在着诸多的争议。
当存在争议的科学主张在法庭提出之后，应当根据相关科学共同体的支持和反对意见对其进行评估，这是刑事程序中确保被告权利和判决正确的根本保证。然而，事实上，无法保证事实裁判者能够充分获得上述信息，当科学家自己也未曾意识到争议存在时，情况尤为如此。
脱离开法庭科学共同体，法庭科学本身并无多大的外在价值。法庭科学共同体领域的狭小导致了两个方面的问题。首先，据以确定科学是知识的可靠来源的某些机制并不适用于法庭科学领域。作用于广义的科学共同体的某些因素，如激烈的竞争、理念的传播以及同行复核机制等，并不一定适用于法庭科学领域。因此，一些法庭科学技术虽然已经得到了广泛的应用，但是可能一直未能接受严格的有效性审查，如指印和笔迹分析等。鉴于法庭科学的适用者（主要是侦查机关）难以对其进行有效的评估，因此，不免会存在一些疑问。
其次，法庭科学尚缺乏理论基础和行业基础。这种情况主要缘于该领域理论发展的相对滞后。纵观法庭科学理论的发展过程，不难发现，法庭科学的发展偏重于技术性研究，疏于基础性研究；偏重于实务性研究，疏于理论性研究；偏重于临时性研究，疏于长期性研究。法庭科学领域的基本概念，诸如同一认定等，仍未能得到任何深入的发展。当然，这属于深层次的问题，但仍应当引起法庭科学领域的足够重视。
2.污染的风险
实践表明，证据材料在提交实验室检验的过程中可能受到污染，侦查人员自身素质不高是导致这种情况出现的原因之一。此外，即使由专业人员进行证据收集和保管工作，这种污染的可能性也不能完全排除。对于伪装现场而言，如果由缺乏经验的侦查人员勘查现场、收集证据，那么这种风险将显著增加。
此外，送交检验的证据材料可能并未得到正规的处理，这也是导致鉴定人员无法完全消除污染风险的原因。同时，许多从事司法鉴定工作的私人机构并未严格遵守科学的操作程序，由此导致污染风险的增加。
3. 科学检验的质量
随着法庭科学领域一些新技术的出现，法庭科学在侦查工作中发挥的作用日益增强。而目前，侦查机关从事司法鉴定工作的资金保障并不完善。由于资金的限制，实验室的设备更新、新技术的引进等方面都受到极大的限制。此外，鉴定人员的培训工作也受到了一定的约束。因为很多新仪器、新技术都来自外国，如果鉴定人员无法亲自出国学习相关的操作规程，势必无法保证法庭检验工作的科学性。低质量的科学可能使诉讼活动误入歧途。
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